Ani telu prirodzený prostriedok proti nespavosti nie je bez rizika. Nadmerné dávky melatonínu môžu byť nebezpečné.
Nová štúdia upozorňuje na nežiaduce účinky melatonínu pri vyššom dávkovaní. Ide o závraty, žalúdočné kŕče, bolesti hlavy, nevoľnosť, zmätenosť alebo dezorientáciu, depresie, podráždenosť, úzkosť, nízky krvný tlak, triašku atď. Bezpečná dávka je 1 – 3 g. Autori dospeli k uvedeným faktom na základe analýzy dát z National Health and Nutrition Examination Survey (NHANES) za roky 1998 až 2018. Vedci upozorňujú i na riziko rozvoja demencie a predčasného úmrtia.